Prof. Dr. Mustafa Sait Gönen, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi mezunudur. Uzmanlık eğitimini 1990 yılında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları bölümünde tamamlamıştır. Ardından 1995 yılında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nde Endokronoloji alanında uzmanlık eğitimi almış ve 1998 yılında bitirmiştir.